1. Выбираете расчетный период.
Операции - Зарплата - Расчетный период.
Проставляете необходимый Вам месяц.
2. Далее расчитываете бланк 1.1 в Документы - Заполнение - Зарплата.
3. Если необходимо, рассчитываете бланк 1.2 расчетно-платежная ведомость Т-49.
4. После этого пересчитываете бланк 1.3, там же.
5. В бланке 1.4 выдаете межрасчетные выплаты.
6. В бланке 1.5 выдаете заработную плату.
7. Далее расчитываете бланки 2.1 и 2.2

Более подробную инструкцию Вы можете найти в папке DOC в Вашей программе.
Там посмотрите файлы ZP.RTF и ZP2.RTF